Urodził się 2 listopada 1926 jako najstarsze z trojga dzieci (rodzeństwo: Wanda i Janusz) Stanisławy z Szumańskich i Wacława Mieszkowskiego.
Jego dziadek (również Emil), był założycielem znanej w Warszawie firmy "Mieszkowski", sprzedającej eleganckie nakrycia głowy. Pierwszy sklep firmy działał przy Nowym Świecie 53. Jego ojciec, Wacław Mieszkowski, kontynuował rodzinną tradycję i przed II wojną światową prowadził jeden ze sklepów tej marki przy ul. Marszałkowskiej 109. Dwa inne sklepy rodzina Mieszkowskich prowadziła w Alejach Jerozolimskich 44 i przy ulicy Targowej 18.
Po wojnie rodzina Mieszkowskich próbowała odtworzyć firmę, nigdy jednak nie udało się odbudować jej przedwojennej pozycji. Wacław Mieszkowski, ojciec Emila, prowadził sklep z eleganckimi nakryciami głowy w różnych miejscach Warszawy do roku 1970.
Emil Mieszkowski uczęszczał kolejno: do Liceum im. W. Górskiego w Warszawie, do szkoły z internatem ojców Marianów na Bielanach i do Liceum im. M. Reja.
Po wybuchu II wojny światowej wstąpił w szeregi Armii Krajowej (był w Polskim Związku Powstańczym), brał udział w akcjach wywiadowczych i w kursie podchorążówki.
Po wojnie kontynuował edukację: w 1947 roku zdał maturę w Szkole Handlowej przy ul. Sandomierskiej, w 1949 roku ukończył studia w stołecznej Szkole Głównej Handlowej.
W latach 1946-1953 pracował w Polskim Towarzystwie Handlu Zagranicznego "Varimex", następnie, do 1957 roku, w Zarządzie Szkolenia Zawodowego Ministerstwa Łączności.
Od 1957 roku prowadził, wraz z przyjacielem, Jerzym Błaszkowskim, warsztat mechaniczno-ślusarski w Warszawie. W związku z tzw. "aferą paczkową" został aresztowany w 1958 roku i sześć miesięcy spędził w więzieniu w Pałacu Mostowskich.
W 1993 roku przeszedł na emeryturę.